第四章结语
从法国解剖学家杜胥内（Duchenne）以神经科学的观点，发现两种微笑所牵动的脸部肌肉是大相径庭的，而将由不同的神经回路所引动的微笑，区分为意识的“应酬式的微笑”，以及潜意识（末那）所直接传送出来而自动产生的“真正的微笑”（Duchenne Smile）。再由大脑造影研究中，发现反应意识思惟的大脑皮质，与反应潜意识运作的边缘系统（limbic system）的交互关系，我们发现潜意识末那是一切行为产生的真正源头。而在这些观察中，我们要强调的是：这些神经系统的运作并不是意识或潜意识末那的作用本身，而是它们运作的结果，也就是它们运作后的轨迹，也是科学工具所能观察得到的六、七识之见分的行相的轨迹之一。虽然这些只是浮光掠影，却让我们看到了意识与潜意识末那互动的奥妙，而意识与意根的这些运作，却都不能一剎那离开如来藏的支持，否则祂们什么也做不了；而如来藏本着一向不贪不厌、不执不弃的中道清净自性，不断的支持祂们的运作，使祂们在三界中圆成善恶因的造作与未来果报的领受，具足了圆满成就诸法的示现，所以如来藏完全是被动性的运作，这也为我们证明了经中“意（根）为先导”之圣训无讹。
从这里可以看出来，潜意识末那操控着意识思惟的方向，也证明《大乘密严经》卷三云：“诸仁者！阿赖耶海为戏论粗重所击，五法三性诸识波浪相续而生，所有境界其相飘动，于无义处中似义而现。诸仁者！阿赖耶识行于诸蕴稠林之中，意为先导；意识决了色等众境，五识依根了现境界，所取之境莫不皆是阿赖耶识〔所现〕。诸仁者！阿赖耶识与寿命暖触和合而住，意〔根〕住于此，〔意〕识复住意〔根〕，所余五识亦住自根。诸仁者！心、意及识住于诸蕴，为业所牵，流转不息；诸所有业因爱而起，以业受身，身复造业，舍此身已更受余身，如步屈虫行；心及心法生于诸趣，复更积集稠林之蕴。”这些教示正真无讹，悟后确实可以现前观察而证明是真实说。
由此经文可知，阿赖耶识行于五蕴稠林之中，由于意根末那之遍计所执性，执着诸戏论妄想，意识遂依祂而起分别执着，所有境界相飘动不实，于无义处中似义而现。而七转识诸蕴之所以现诸境界，皆是由于阿赖耶识集藏七转识诸染污法种，复由意根末那为先导，意识、五识方能相继现起。众生由于妄执如是三界六尘诸法为真，故为业习所牵，流转不停，故于识稠林中复造诸林而增益诸蕴之积聚。然而，三界六尘诸法实是阿赖耶识所变现，并无实法，是众生妄取诸法故辗转而生。这其中意根末那识，默容一切诸法的遍计性，与处处作主的所执性，是转生诸法的启动者，而意识与其辗转相依，更是强化一切种子熏染的帮凶。如《楞伽阿跋多罗宝经》中佛说：“大慧！现识〔末那识意根〕及分别事识〔意识〕，此二坏、不坏，相展转因。”正是此意。也就是说，无始劫来不坏的意根末那识，以及世世断坏而只有一世的意识觉知心，是互相影响的：末那识控制意识的思惟方向，而意识思惟之后也会回头影响到意根末那识的心性与决定，所以佛说“相展转因”，真是如实语、不诳语、诚实语，也是完全正确的宣示法界中的意根与意识的境界，语皆真实不虚。
从神经科学与大脑造影的实验结果，来看意识与潜意识末那辗转运作的交互关系，科学家都已倍感复杂难懂，而只能依实验结果“按图索骥”勾勒出其梗概而已。若从实证现观来看，意识与潜意识末那各自所相应的心所有法，以及它们交互运作的关系，则不是依着实验结果“按图索骥”的科学研究者所能了知的。现实生活中，意识与潜意识末那互动速度之快，互动模式之复杂，互动型态之多样，互动深度之微细，不是言语可以形容的，也不是将受实验者限制于某些实验条件中所能观察得到的，因为实验设计是由观察者操控其实验条件，而现实生活则是生命体的自主运作，其间有相当大的差异。光是意识之五遍行的运作，或末那之五遍行的运作，或是两者之交互运作，其中关系之复杂、之微细，不是科学实验所能控制的，也不是一般未悟者或探求密意者所能探知一二的；若要深入通达，则非我们能力所及，此非地上菩萨，无能为之；非诸佛，无能究竟。这牵涉到如来藏阿赖耶识中一切种子的流注，以及种智中极其甚深微细的部分，也正是佛说三转法轮唯识正义的精髓。这个令人叹为观止的“心智程控系统”，连科学家都不得不谦卑的说：“请记住，这些研究是心智探索的初步成果……，还有很多事情是科学家不知道的……。”科学家对于意识心智的探索，都已经感到如此的深奥难懂了，而某些无知之佛学研究者，既无佛法上修证之证量，又违科学实验之现观，竟然草率的说潜意识末那是意识所生之细意识，竟然说意识所依止的潜意识末那是意识所生的细意识；由此颠倒邪见，复将能生万法的阿赖耶识视为“性空唯名”、“虚妄唯识”的施设法而诽拨之，否定其真实存在而且有种种神妙难测的大用；不但自己造下无边的谤法罪业，并贻误诸多随学之众生。
末学行此文的目的，除了第一章引言中的说明以外，另一个更重要的目的，其实是提出来与各位师兄共相惕励的──观行这一门功课，如黄俊雄布袋戏所说：“功夫是万底深坑。”般若道种智甚深、极甚深，若想一窥其堂奥，至少要有三个基本条件：第一个是如理作意观行，第二个是如理作意观行，第三个还是如理作意观行。因为，一切不如理作意，均与此正观无缘相应故，必定会落入邪观之中，这也就是为什么禅宗祖师苦口婆心而一再的强调“不识本心，学法无益”的道理。因为，证悟本心阿赖耶识以后，才可能“转依”其清净体性，真正的如理作意观行，才可能真正迈入悟后起修之路。
